影片通过跨越数千年、不同时空的三条故事线，交织出无形之中彼此呼应的科幻寓言。

将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！ 　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马…