库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Little jijikb.com Busters！”的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友还在募集中…”为由伸出援手。就这样开始了…

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新世历179年，一艘来历不明的巨大物体冲入地球，坠落在南亚得里亚岛。 人类在被这一从天而降的怪物吓得惊魂未定之时，以比安.佐尔达克博士为首，科学家们对这一天外来客进行了调查。调查结果表明，此战舰是外宇宙文明所开发出来的战舰，…